Ennen silmälläpidettävä, nyt uhanalainen.
Keisaripingviini on päätetty luokitella virallisesti uhanalaiseksi lajiksi. Päätöksestä kertoi Kansainvälinen luonnonsuojeluliitto (IUCN). Keisaripingviini oli tätä ennen luokiteltu silmälläpidettäväksi lajiksi.
Lajin näkymien heikkenemisen syynä on ilmaston lämpeneminen ja siihen liittyvä jääpeitteen pieneneminen napapiirien sisällä.
Keisaripingviinit ovat riippuvaisia Etelämantereen eli Antarktiksen jääpeitteestä. Uhanalaiseksi luokiteltiin myös Eteläisellä jäämerellä elävä kergueleninhylje.