Natura 2000 -suojeluohjelman arvioidaan aiheuttavan yksityisille metsänomistajille 147-434 miljoonan markan menetykset. Ympäristöhallinnon alustavan arvion mukaan he saisivat menetyksistään korvauksia 168 miljoonaa markkaa.
Vaikutusarvio on laadittu Suomen ympäristökeskuksessa, korvausarviot taas perustuvat alueellisten ympäristökeskusten tietoihin keskimääräisistä kauppahinnoista ja Natura-alueiden puustosta. Vaikutusarviossa otetaan huomioon verojen ja tukien vaikutus. Ilman niitä menetykset olisivat 192-541 miljoonaa markkaa.
Pienemmät luvut perustuvat oletukseen, että suojeltavien metsien puusto olisi arvoltaan keskimääräistä. Suuremmat luvut syntyvät, jos kaikkien Natura-metsien lasketaan olevan vanhaa runsaspuustoista metsää. Natura-ehdotukseen sisältyy 17 300 hehtaaria aiemmin suojelematonta yksityistä metsämaata. Kaiken kaikkiaan uutta suojeltavaa metsää tulisi 26 800 hehtaaria eli 0,15 prosenttia Suomen suojelemattomasta metsäalasta. Kun myös valtion metsät otetaan huomioon, nettomenetysten suuruudeksi arvioidaan 241-796 miljoonaa markkaa.
Jos suojeltavaa puumäärää ei korvata muualta tulevalla puulla, Naturan arvioidaan vähentävän metsäalalta 140 henkilötyövuotta. Työpaikoista 125 lähtisi Etelä-Suomesta ja 15 Pohjois-Suomesta. Ympäristöministeriön toimeksiannosta laadittu arvio perustuu huhtikuiseen Natura-ehdotukseen. Arviossa tarkasteltiin myös erilaajuisten suojeluvaihtoehtojen vaikutuksia luonnonsuojeluun sekä kansalaisten käsityksiä Naturasta ja luonnonsuojelusta yleensä.