Kotioloissa kaikki kärpäslajit voidaan ennaltaehkäistä ja torjua miltei samanlaisin keinoin.
Suomessa ihmisille ja eläimille aiheuttavat haittaa lähinnä kaksi kärpäslajia: huonekärpänen ja pistokärpänen. Muita sisätiloissa esiintyviä lajeja ovat lamppukärpänen, liha-, kiilto- ja ullakkokärpänen, ruutukärpänen sekä mahlakärpäsiin kuuluva etikkakärpänen.
Yleisesti ottaen kärpäsiä houkuttelevat puoleensa kaikenlaiset eloperäiset aineet ja jätökset. Asunnoissa ne elävät lämpiminä vuodenaikoina, mutta karjasuojissa niitä kuoriutuu ympäri vuoden. Kärpästen liikkuminen ruoanjätteiden, ulosteiden ja pilaantuneen lihan välillä on epämiellyttävää, mutta se aiheuttaa myös terveysriskin.
Kärpästen aiheuttamat haitat
Huonekärpänen (Musca domestica) munii jätöksiin, kompostikasojen päälle ja jätteiden pinnalle. Aikuiset kärpäset lentävät sisään asuntoihin ja tuovat jaloissaan ja imukärsässään bakteereja elintarvikkeisiin levittäen varsinkin vatsasairauksia. Ne myös likaavat kodin pinnat ulosteillaan. Karjasuojissa ne hidastavat nuorten eläinten kehitystä ja alentavat maidontuotantoa.
Pistokärpänen (Stomoxys calcitrans) häiritsee eläimiä kuten huonekärpänen. Se imee kärsällään verta eläimestä ja voi pistää ihmistäkin. Pisto on kivulias ja se voi levittää bakteereita.
Lamppukärpänen (Fannia canicularis) on kodeissa harmiton, mutta kanaloissa ja turkistarhoissa siitä on haittaa eläimille.
Lihakärpänen (Calliphora) munii lihaan ja kalaan sekä niistä valmistettuihin tuotteisiin. Lihakärpänen saattaa levittää suolistosairauksia, joita voivat aiheuttaa myös raato-, kiilto- ja ruutukärpänen.
Mahlakärpäsen (Drosophilidae) toukat pilaavat saastuttamansa elintarvikkeet täysin. Kärpäset levittävät ravintoaineisiin myös hiivasieniä ja bakteereita.
Torjunta asunnoissa
Kaikki kärpäset torjutaan asunnoissa samoin periaattein. Ikkunoihin kannattaa asentaa hyttysverkot. Huoneissa voidaan käyttää torjunta-aerosoleja, liima-ansoja, haaveja, kärpäslätkää jne. Kärpäset ovat nopeita, joten suojaa elintarvikkeet ja sulje astiat aina kun et niitä käytä. Pidä kaikki keittiövälineet ja -tarvikkeet puhtaina. Tyhjennä ekoroskat tarpeeksi usein; muista hävittää ne myös pihalta. Ruoanjätteet ja muut mätänevät lisääntymispaikat on kompostoitava huolella. Sikiämisen estämiseksi komposti peitetään mullalla. Näin muninta vaikeutuu, ja kompostin korkea lämpötila tappaa toukat ja kotelot.

