Britannian EU-äänestystulos luo painetta johtajavaihdoksiin myös Euroopan unionissa. Tulos on voimistanut EU-komission puheenjohtajaan Jean-Claude Junckeriin kohdistuvaa kritiikkiä.
Junckeria moititaan siitä, että hän edustaa vanhakantaista federalismia. Juncker sai syytöksiä liiallisesta liittovaltioinnosta jo ennen kuin hänet valittiin tehtäväänsä.
Euractiv-verkkolehdelle puhuneen lähteen mukaan 61-vuotias Juncker harkitsee eläkkeelle jäämistä terveysongelmien takia. Julkisuudessa Juncker on kiistänyt eroaikeet.
Euractiv listaa Junckerin potentiaalisiksi seuraajaehdokkaiksi komission varapuheenjohtajia, joista ensimmäinen on hollantilainen Frans Timmermans. Myös Jyrki Katainen (kok.) ja latvialainen Valdis Dombrovskis mainitaan mahdollisina seuraajina.
Katainen on tällä hetkellä komission varapuheenjohtaja, joka vastaa kasvusta, työllisyydestä, investoinneista ja kilpailukyvystä.
Junckerin arvostelu on kärkästä etenkin itäisen Keski-Euroopan maissa, jotka ovat tyytymättömiä komission toimiin muun muassa pakolaiskriisin hoidossa. Komission esitykset pakollisista turvapaikanhakijakiintiöistä ovat herättäneet vahvaa vastarintaa Unkarissa, Tshekissä ja Slovakiassa.
Britannian kansanäänestyksen yhteydessä Junckeria on syytetty turhan tiukoista kannanotoista, joita on pidetty sotkeutumisena kampanjointiin.